Das Herzstück der Z650RS ist eine aktualisierte Version des aufregenden und gut dosierbaren, wassergekühlten 649-cm³ Reihenzweizylinders von Kawasaki, der auch in den aktuellen Modellen Z650 und Ninja 650 zum Einsatz kommt. Der beliebte Zweizylinder hat zu Recht einen guten Ruf für seine Langlebigkeit und Leistung und sorgt für freud- und schwungvolles Fahren. Im Falle der Z650RS ist der Motor auf ein gutes Ansprechverhalten im unteren und mittleren Drehzahlbereich sowie auf die charakteristische, belebende Leistung im oberen Drehzahlbereich abgestimmt. Er leistet 68 PS (50,2 kW) und kann bei Bedarf auf A2-konforme 35kW gedrosselt werden.